Die obere Kapelle. Um das Jahr 1285 ließ der Landesfürst Meinhard II. die bis dahin eingeschossige Kapelle aufstocken, wodurch eine der Herrschaft vorbehaltene Empore entstand. Geweiht wurde sie am Fest der Heiligen der Nächstenliebe, Elisabeth von Thüringen (1207-1231), einer entfernten Verwandten der Grafen von Tirol.
Die gotischen Secco-Malereien schmücken die Wände in der Unter- und Oberkapelle. Sie entstanden unter Ex-König Heinrich, dem Vater der Margarete, um 1330. Neben Heiligendarstellungen finden sich hauptsächlich Themen, die mit Maria in Zusammenhang gebracht werden können. Hier gibt es auch die älteste erhaltene farbige Darstellung des Tiroler Wappens, ebenso das Wappen des Herzogtums Kärnten, dem Heinrich de facto als Herzog vorstand.

Der Altar von Schloss Tirol (um 1370). Der älteste im Alpenraum erhaltene Flügelaltar wurde von den Brüdern Leopold III. und Albert III. um 1370 gestiftet und in Wien hergestellt. Die beiden Habsburger sind mit ihren Gemahlinnen an den Flügelaußenseiten in Stifterpose abgebildet. Das Original befindet sich seit 1938 im Museum Ferdinandeum in Innsbruck, die originalgetreue Kopie hingegen steht auf dem ursprünglichen Altarsockel und wurde 2001 von der Gruppe Unika aus St. Ulrich in Gröden angefertigt. Bei geöffneten Flügeln sind sechs Szenen aus dem Leben Marias zu sehen, unter anderem die Verkündigung, die Geburt Christi, die Anbetung der Könige und der Marientod.